Cytobank企业版（Enterprise Cytobank）是专为公司、组织或合作单位提供私有资源的Cytobank解决方案。企业版具有最高级别的安全认证，由企业账户管理员管理访问权限。该版本兼容FCS标准至3.1版本的任何列表模式文件，并能够导入以逗号、分号或制表符分隔的任意数值数据。支持的操作系统和浏览器包括Firefox、Chrome和Safari，为获得最佳性能，下载速度需达到最低50Mbps，上传速度需达到10Mbps。绘图类型包括轮廓图、密度图、点图、直方图、叠加图和热图，还支持CITRUS、FlowSOM、SPADE、viSNE等门控方法。统计功能包括中值、变异系数（CV）、标准差（SD）、均值、人口比例、方差、最小值、最大值、事件计数、事件计数比、通道范围、几何平均值、在门内的百分比等。授权类型为企业、商业，用户数量限定为10人，授权有效期为1年。