芯片或测序数据经过标准化处理后,在一个二维直角坐标系平面中,绘制散点图。芯片数据的散点图常用于评估两组数据总体分布集中情况。散点图中每一个点代表芯片上的探针点,该点在二维平面中的位置根据其在不同组中的表达量,由X轴和Y轴坐标确定......
芯片或测序数据经T-Test分析得到P-value值与FC值,两个因素共同绘制火山图(Volcano Plot),用于显示两组样数据的显著性差异。横轴代表探针的差异倍数(Fold chang),纵轴代表探针的差异显著程度(-log10 P-......
Gene Ontology(GO)是基因功能国际标准分类体系。GO富集分析是对差异基因等按GO分类,并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析、错判率分析、富集度分析,得到与实验目的有显著联系的、低误判率的、靶向性的基因功能分类,......
目前,KEGG是有关Pathway的主要公共数据库。根据挑选出的差异基因,计算这些差异基因同Pathway 的超几何分布关系,Pathway 分析会对每个有差异基因存在的pathway 返回一个p-value,小的p 值表示差异基因在该pa......
信号通路作用网络——Pathway Network 根据KEGG数据库中的Pathway间的相互作用关系,构建差异基因参加的显著性Pathway之间的作用网络,确定......
Global Signal Transduction Network,中康博生物科技
全局信号转导网络—Global Signal Transduction Network 利用数据库中KEGG、BIND、HPRD等信号传递通路,以及基因、蛋白质、化合物之间的作用关系,构建......
MicroRNA Target Gene Network,中康博生物科技
MicroRNA与基因的调控网络——MicroRNA Target Gene Network 构建差异MicroRNA与靶基因构建调控网络,根据网络中MicroRNA的位置函数计算出Mic......
转录因子调控网络——TF Network 根据差异mRNA、miRNA和lncRNA,通过Tansfac数据库预测其前体的转录因子,并将预测的转录因子与mRNA、miRNA和lncRNA构建......
MicroRNA对基因功能的调控网络——MicroRNA Target GO Network 根据差异MicroRNA和被调控靶基因的显著性功能,利用MicroRNA和靶基因功能的属性,构......
MicroRNA Target Pathway Network,中康博生物科技
根据差异MicroRNA和被调控靶基因的显著性通路,利用MicroRNA和靶基因通路的属性,构建MicroRNA Target Pathway Network。该网络反映目标MicroRNA对Pathway的作用关系。根据网络中各Micro......