首先C6流式细胞仪能避免操作新手的一个容易犯的错误——调整电压，同步化不同的细胞。C6流式细胞仪采用的是专利低压流动系统(蠕动泵)而不是真空泵，因此可以精确控制样本进样速度和活性区流的直径，这就能为样本选择最佳的活性流区的大小。
C6的探测器不但可灵敏的捕获前散射光和旁散射光，还有四个可调光学滤光片的荧光探测器。可以实时收集1600万个通道的数据，宽的动态范围消除了对探测器进行补偿的必要性，当使用Cflow软件的Zoom function模式观察一个特定通道时，其他数据仍然被监测并且记录到数据文件。
安装和维护简单。系统拥有自动除污和清洗流路程序。当关闭主机时，自动化系统会自动用清洗液清洗流路系统，然后再使之充满鞘液。鞘液会保持在流路系统中，直到下次开机。在使用过程中，如果需要启动清洗流程，那么点击一下鼠标就可。
由于C6流式细胞仪不使用加压流动系统，可容纳多种类型的管子，包括任何品牌的12×75mm管和最微型的离心管(无盖)。
C6流式细胞仪系统设计小巧灵便(17.3寸宽x16.3寸深)，可在任何实验室配备。重量不到30磅，可方便移动，这是其他同种产品所不能达到的。
C6对电源电源(110V-240V、50-60HZ)没有特殊要求，不需要增加任何电源控制设备。
如果样品比较多，可选配自动进样装置。
Cflow操作分析系统，能简单快速的搜集分析数据，具有优良人机界面，研究人员经过半个小时的培训，就可以灵活、准确的使用C6流式细胞仪系统。