Affymetrix  OncoScan芯片

案例展示
案例一  利用拷贝数变异 CNV 信息探究结肠癌的淋巴结中克隆结构

研究背景
结肠癌致死主要是由远端转移病灶引起，直肠癌患者发生转移性病变后，治疗的可能性大大降低，淋巴结一般是转移病灶的第一站。结肠癌初级肿瘤一般由多个亚克隆组成。单个细胞或细胞团从初级肿瘤组织中逃逸进入淋巴管或血管，形成淋巴结。有时，逃逸的肿瘤转移细胞会形成新基因型转移病灶，即亚型克隆。

研究内容
本研究对来源 7 个 CRC 病人的一级肿瘤组织和包含癌组织的淋巴结进行检测，探索淋巴结转移病灶是单克隆还是多克隆的，以及形成淋巴结转移病灶的细胞来源肿瘤组织单一区域还是一级肿瘤组织的多个分离区域。通过对 SNP、CNV 进行分析发现，淋巴结转移病灶是多克隆的，且起源于初级肿瘤组织的多个离散区域，单个淋巴结可含有多个亚克隆。

研究结果
1. 通过全外显子测序对肿瘤组织及正常组织进行检测，平均深度 48×，6 个病人中检测到 171-591 处突变，另有一个病人检测到 4718 处突变。通过定制的目标区域捕获芯片对检测到的突变进行验证及进一步筛选。
2. 使用 Affymetrix OncoScan 芯片对所有样本的拷贝数变异进行检测，利用 CNV 数据分析肿瘤纯度及倍数性，肿瘤中组织纯度高于淋巴结，肿瘤组织大多数为二倍体。
3. 利用深度测序数及 CNV 数据分析发现初级肿瘤及淋巴结转移病灶均具有异质性。
4. 利用深度测序数及 CNV 数据，进行肿瘤亚克隆分析，所有肿瘤组织都有亚克隆结构，淋巴结间克隆结构存在显著的差异，并且与初级肿瘤也显著不同，证明淋巴结转移病灶不是单克隆。
5. 借助初级肿瘤的特异突变 marker，分析淋巴结转移病灶起源，结果证明淋巴结转移病灶可起源于初级肿瘤的一个或多个区域。
6. 经种系发生学分析发现淋巴结转移病灶包含早期及晚期亚克隆。
7. 结合突变数据、异质性分析、PyClone 结果及种系发生学分析结果构建淋巴结中亚克隆形成模型。

参考文献
Ulintz PJ, Greenson JK, Wu R, et al. Lymph Node Metastases in Colon Cancer are Polyclonal. Clin Cancer Res 2017; 24(9):2214-2224. (IF: 10.199)